Curious Coding

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关于生物信息学的博客:序列比对、minimizers、HPC、数据结构等。

Navier-Stokes 证明背后的能源消耗估算

作者基于 OpenAI 证明 Navier-Stokes 方程(千禧年问题)一事,估算该过程消耗的 GPU 能源、电费及煤耗。文章从输入数据、每 GPU 能源、每秒 token 数等维度拆解,并类比日常场景给出直观感受。 核心是把“AI 证明数学定理”的能源成本具体化,带有轻松科普和估算味道,适合对 AI 能耗、大模型推理成本感兴趣的读者。
评论点赞收藏14 天前

SimdQuickHeap 的三个改进方向

讨论 SimdQuickHeap 数据结构的三种改进方案:历史独立快速堆、支持 decreaseKey 操作的版本,以及 SIMD 加速的基数堆。源于 ESA 会议上对历史独立数据结构和分层列表标签技术的讨论。
评论点赞收藏19 天前

反字典序 SUS 锚点:最小化器采样方案的新思路

Curious Coding 发布关于最小化器(minimizer)采样方案的幻灯片,提出反字典序 SUS 锚点方法。最小化器用于基因组序列比对中的 k-mer 采样,核心问题是控制采样密度。 文章引用 Kille 等人 2024 年的密度上界结果,并 conjecture:当 k ≡ 1 (mod w) 时存在最优采样方案。这是一个计算生物学领域的开放研究问题,面向生物信息学研究者。
评论点赞收藏28 天前

一些罕见论文的扫描版合集

Curious Coding 分享了一批难以找到的论文 PDF 扫描版,目前列出的是 Johnson 1977 年《Efficient Special-Purpose Priority Queues》(基数堆队列的早期变体),来源为,由伊利诺伊大学图书馆协助获取。
评论点赞收藏36 天前

GxHash 中与种子无关的哈希碰撞

gxhash128 存在与种子无关的哈希碰撞:两条长度 88、仅 5 位不同的字符串,无论 seed 取何值都会碰撞。作者在做泛基因组去重工具 pandedup 时实测发现,碰撞并非随机,对依赖 gxhash128 做唯一标识的场景有实际影响。
评论点赞收藏61 天前

拉脱维亚皮划艇之旅:恩古雷、林达与伊尔贝河

作者分享了在拉脱维亚恩古雷、林达和伊尔贝河进行皮划艇旅行的详细路线与后勤准备。内容涵盖从准备日到第四天抵达海边的行程规划,以及船只、食物、饮水等物资打包建议,并包含观鸟提示和下次出行的改进经验。
评论点赞收藏69 天前

Sassy 1 & 2:利用 SIMD 进行 DNA 模糊搜索

CuriousCoding 团队介绍其开发的 Sassy 工具,利用 SIMD 指令集加速生物信息学中的 DNA 序列半全局比对。文章核心观点是“数学很酷,但生物问题需要简单的快速解法”,展示了如何通过近似字符串匹配算法优化计算性能。 对于关注高性能计算、编译器优化或生物信息学底层的工程师来说,这是一个典型的将底层硬件特性应用于特定领域问题的工程实践案例,具有明确的技术参考价值和讨论空间。
评论点赞收藏86 天前

The Jump Index

FM-index et al.: LF cache-miss per character:( Link to heading I/O-efficient pattern matching using suffix tries Link to heading Suffix trees are in text space and I/O efficient! Suffix trees of repet...
评论点赞收藏128 天前

List of interesting blogs

Table of Contents April 2026: The fall of the theorem economy - David Bessis These are some links to interesting posts around the web, with some quick quotes/notes. April 2026: The fall of the theorem...
评论点赞收藏148 天前

QuickHeap: A Fast Priority Queue

Table of Contents 1 Background Priority queue Binary heap D-ary heaps Other heaps 2 Literature on Quickheaps Optimal incremental sorting Quickheap Randomized quickheaps 3 Bucket-based implementation D...
评论点赞收藏149 天前

Deflate, gzip, zlib, libz, et al.

1 File formats Link to heading This stuff is all insanely confusing. My summary: DEFLATE The ‘original’ compression method. Works in 32kB blocks, and for each stores a small header with the compressio...
评论点赞收藏174 天前

NordVPN refund dark patterns

Tl;dr: if you want to refund your NordVPN payment, go to. The last part,?intent_rf=true, is the important bit. (If that doesn’t work, you’ll probably have to go through the full chat-bot flow first, s...
评论点赞收藏211 天前

A history of pairwise alignment

My blog: Link to heading Pairwise alignment: finding differences between strings Link to heading Covid – (\alpha), December 2020 Link to heading Covid – (\omicron), December 2021 Link to heading Pairw...
评论点赞收藏224 天前

Recent results on hash tables

Table of Contents 1 Types of hash tables 2 Metrics 3 Lower bounds 4 Iceberg hashing (2023) 5 IcebergHT (2023) 6 Tight Bounds for Classical Open Addressing (2024) 7 Optimal Non-oblivious Open Addressin...
评论点赞收藏245 天前

Overview of static data structures

Table of Contents 1 Classification of static data structures 2 Space lower bounds and practical approaches 2.1 Rank 2.2 Rank + Select 2.3 Minimal perfect hash function (MPHF) 2.4 TODO Monotone MPHF 2....
评论点赞收藏287 天前

Thoughts on "Static Retrieval Revisited"

Table of Contents 1 Problem definitions 2 Optimal solutions 3 Why an overhead is necessary 4 Augmented Retrieval These are some summarizing notes and thoughts on “Static Retrieval Revisited: To Optima...
评论点赞收藏330 天前

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